تتولّى وزارة الصحة العراقية مُهمَّة الإشراف على المُستشفيات الحكوميَّة في مدينة البصرة ومنطقتها الحضاريَّة، وتأمين الخدمات الطبيَّة للسُكَّان. كذلك هُناك عددٌ من المُستشفيات والمستوصفات الخاصَّة داخل المدينة تؤمّن قسم كبير من العناية الصحيَّة للناس، ومن أبرزها؛
- مستشفى الطفل التخصصي: افتتح مستشفى الطفل التخصصي حسب بيان وزارة الصحة العراقية ذي العدد 312 في 10 كانون الأول 2009.
- مستشفى الصدر التعليمي.
- مستشفى البصرة العام: تعتبر من المعالم التاريخية في البصرة وهي من أقدم المستشفيات في العراق. تأسست عام 1924 وكانت تقدم خدماتها لأهالي المحافظة والعراق وبعض دول الخليج العربي.
- مستشفى أم قصر العام: تأسست مستشفى أم قصر العام سنة 1971 في ناحية أم قصر، وقد كان اسمها في ذلك الوقت مستشفى الموانئ حيث كانت تقدم الخدمات الطبية والعلاجية لموظفي الموانئ وعوائلهم كون الناحية بعيدة عن مركز المحافظة.
- مستشفى ابى الخصيب العام: افتتحت سنة 1957 في مدينة أبي الخصيب وتبلغ السعة السريرية للمستشفى 48 سريراً.
- مستشفى النسائية والاطفال: بدأ العمل في المستشفى في 31 أيار 1965 وكان اسمها مستشفى الفروسية وكانت تقع مكان قسم العمليات الطبية ومكانها قرب المستشفى حالياً، واستمرت الولادات في المستشفى لغاية فترة (1981-1982) حيث أصبحت الولادات في مستشفى الصدر التعليمي بسبب وجود اعمار في بناية المستشفى. أعيد فتح المستشفى عام 1983 في بناية أخرى، جزء منها حالياً تابع إلى المستشفى والجزء الآخر تابع إلى مركز التدريب والتطوير، وسميت حينها مستشفى الطوارئ. وبتاريخ 28 آذار 1987 تعرضت المستشفى إلى القصف أثناء الحرب وأصبحت الولادات في مستشفى الموانئ وأعيد فتح المستشفى بتاريخ 1 أيلول 1988. وفي عام 1993 اضيف إلى المستشفى قسم الأطفال وبذلك تغير اسم المستشفى إلى (مستشفى النسائية والأطفال) وكان الاسم الشائع مستشفى ابن غزوان. السعة السريرية للمستشفى هي 414 سريراً.
- مستشفى الشفاء العام: تأسس في عام 1972 وبإمكانيات متواضعة عبارة عن ردهة وطوارئ وصيدلية وكان يقدم خدماته لمنتسبي القوة البحرية تحت اسم مستشفى ابن ماجد البحري. سعته السريرية 186 سريراً.
- مستشفى الفيحاء العام: افتتحت عام 1962 وكان مستشفى عسكرياً اسمه (مستشفى البصرة العسكري) وكان تابعاً لوزارة الدفاع بسعة 200 سرير. وبعد احتلال العراق عام 2003 أصبح مستشفى مدنياً باسم مستشفى الفيحاء العام تابعاً لوزارة الصحة واضيفت إليه أقسام جديدة فأصبح بسعة 400 سريراً.
- مستشفى الموانئ العام: بدء بإنشائه عام 1959 في فترة حكم عبد الكريم قاسم وكان خاصاً لمنتسبي مصلحة الموانئ العراقية. وقد انتهي من إنشائه عام 1964 وكان المستشفى يسع مائة سرير. وتم تطوير المستشفى إلى أن وصلت سعته حالياً إلى 400 سرير. توجد شعبة الطوارئ بسعة عشرين سريراً تستقبل الحالات الطارئة لرقعة جغرافية واسعة لشمال البصرة ومنطقة المعقل والجبيلة والجنينة والطويسة والحكيمية.
- مستشفى القرنة العام: تأسست عام 1950 باسم مستشفى القرنة الجمهوري.
- مستشفى المدينة العام: تأسست سنة 1979 بسعة سريرية 50 سرير. ويقع في قضاء المدينة.
- مستشفى الزبير العام: تقع في مركز قضاء الزبير بسعة سريرية 160 سرير.
- مستشفى الفاو العام: تأسست عام 1989 وبنيت على أرض مساحتها 30000 متر مربع ضمن حملة أعادة أعمار مدينة الفاو.
- مستشفى 400 سرير التركي.
